Der Biodiversitätsflächenindikator bewertet die Qualität und Vielseitigkeit der Biotoptypen als Lebensraum für verschiedene Arten. Die Bewertung findet hier mithilfe Hilfe der Biotopwertpunkte nach der Bundeskompensationsverordnung statt, die mit flächenhaften Landbedeckungsdaten und diskontinuierlich verfügbaren Fachdaten zum Zustand der Ökosysteme kombiniert werden. Diese Datenkombination erlaubt eine vergleichende Bewertung des bundesdeutschen Ökosysteminventars in Fläche und Qualität. 

Ein räumlich explizites Monitoring von Biotoptypen und -werten zeigt Qualitätsverluste und Qualitätsverbesserungen an und soll politische und fachliche Schlussfolgerungen ermöglichen und – wenn nötig – Gegenmaßnahmen zum Schutz gefährdeter Ökosysteme begründen.   Aufgrund der Anwendung von Biotopwertpunkten kann auch eine monetäre Bewertung durchgeführt werden, die auf durchschnittlichen Kosten zur Anlage, Entwicklung und Pflege von entsprechend höherwertigen Biotopen basiert.

Unter Biodiversität wird allgemein die Vielfalt an Ökosystemen, die genetische Vielfalt und Artenvielfalt verstanden.  Dieser Indikator erfasst nicht eine konkrete Artenzahl, sondern dient als Stellvertreter (Proxy) für die biologische Vielfalt, da die Bewertungsgröße ein allgemeines Maß angibt für die Qualität und Vielseitigkeit der Biotoptypen auch als Lebensraum für verschiedene Arten und Varianten. 

Die Qualität der Ökosysteme in Deutschland ist je nach Biotoptyp und Nutzungsdruck unterschiedlich. Die am höchsten bewerteten Biotoptypen (mit maximal 27 Punkten) befinden sich in den Mooren, Gebirgen und an den Meeresküsten, hier besonders im Watt. Den höchsten Beitrag zur Summe der Biotopwertpunkte erbringen mit 47,6 % allerdings die Wälder bei einem Flächenanteil von 30,7 % an der Landfläche Deutschlands. Landwirtschaftlich genutzte Flächen kommen bei einem Flächenanteil von 50,6 % immerhin auf einen Anteil an den Biotopwertpunkten von 37,5 %, wobei die Hälfte davon durch Wiesen und Weiden ausgemacht werden, die nur ca. ein Drittel der landwirtschaftlichen Flächen umfassen. 

Die naturschutzfachlich besonders wertvollen Flächen, machen den überwiegenden Anteil des Hauptökosystemtyps „naturnahe Offenlandbiotope“ aus, sind aber mit ihrem größeren Anteil den Wäldern, Gewässern und landwirtschaftlich genutzten Flächen zugeordnet. Sie erbringen auf nur 18,3 % der Fläche Deutschlands 31,2 % der Biotopwertpunkte.

Wie die Graphik Biotopwerte im Zeitvergleich zeigt, sind es vor allem Kleinstrukturen in der Agrarlandschaft, deren Zunahme und Wertsteigerung ein Verlust an Biodiversität durch die Ausweitung von Siedlungs- und Verkehrsflächen sowie durch einen Verlust des Grünlandes zwischen 2012 und 2021 weitgehend ausgleicht. Betrachtet man das Verhältnis von Flächengröße und Wertentwicklung, so wird deutlich, dass die Wälder trotz leicht zunehmender Gesamtfläche an Wert für die Biodiversität verloren haben, weil die Biotopqualität vor allem in den letzten drei Jahren von 2018 bis 2021 zurück ging. Ähnliches gilt für die Binnenggewässer: trotz leichter Flächenzunahme sind wertvolle Wasserflächen weniger und wertlosere mehr geworden, dies galt aber vor allem für die Zeit zwischen 2012 und 2018. Obwohl Siedlungsflächen leicht zunehmend Biodiversität beherbergen, wirkt sich deren Flächenzunahme negativ auf die Gesamtbilanz aus. Der Rückgang von Wiesen und Weiden seit etwa 2015 sowohl an Fläche als auch an Qualität ist die Ursache für die stärksten Verluste an Biodiversität in Deutschland. Andere Agrarflächen wirken sich trotz leichter Flächenverluste nicht maßgeblich auf die Entwicklung der Biotopwerte aus; nur die hochwertigsten Flächen innerhalb des Agrarraumes (sogenannte HNV-Flächen) haben an Biotopwert zugelegt, was aufgrund ihrer geringen und zudem schrumpfenden Fläche aber nur geringe Auswirkungen auf die Gesamtbilanz hat. Die nach EU-Recht NATURA2000 geschützten, sogemannten FFH-Flächen, erlebten seit 2015 Verluste an biologischer Vielfalt, was an den oben genannten Qualitätsverlusten von Binnen-Wasserflächen liegt.