Der Biodiversitätsindikator bewertet die Qualität und Vielseitigkeit der Biotoptypen als Lebensraum für verschiedene Arten. Die Bewertung findet hier mithilfe Hilfe der Biotopwertpunkte nach der Bundeskompensationsverordnung statt, die mit flächenhaften Landbedeckungsdaten und diskontinuierlich verfügbaren Fachdaten zum Zustand der Ökosysteme kombiniert werden. Diese Datenkombination erlaubt eine vergleichende Bewertung des bundesdeutschen Ökosysteminventars in Fläche und Qualität. 

Ein räumlich explizites Monitoring von Biotoptypen und -werten zeigt Qualitätsverluste und Qualitätsverbesserungen an und soll politische und fachliche Schlussfolgerungen ermöglichen und – wenn nötig – Gegenmaßnahmen zum Schutz gefährdeter Ökosysteme begründen.   Aufgrund der Anwendung von Biotopwertpunkten kann auch eine monetäre Bewertung durchgeführt werden, die auf durchschnittlichen Kosten zur Anlage, Entwicklung und Pflege von entsprechend höherwertigen Biotopen basiert.

Unter Biodiversität wird allgemein die Vielfalt an Ökosystemen, die genetische Vielfalt und Artenvielfalt verstanden.  Dieser Indikator erfasst nicht eine konkrete Artenzahl, sondern dient als Stellvertreter (Proxy) für die biologische Vielfalt, da die Bewertungsgröße ein allgemeines Maß angibt für die Qualität und Vielseitigkeit der Biotoptypen auch als Lebensraum für verschiedene Arten und Varianten. 

Die Qualität der Ökosysteme in Deutschland ist je nach Biotoptyp und Nutzungsdruck unterschiedlich. Die am höchsten bewerteten Biotoptypen (mit maximal 27 Punkten) befinden sich in den Mooren, Gebirgen und an den Meeresküsten, hier besonders im Watt. Den höchsten Beitrag zur Summe der Biotopwertpunkte erbringen mit 47,6 % allerdings die Wälder bei einem Flächenanteil von 30,7 % an der Landfläche Deutschlands. Landwirtschaftlich genutzte Flächen kommen bei einem Flächenanteil von 50,6 % immerhin auf einen Anteil an den Biotopwertpunkten von 37,5 %, wobei die Hälfte davon durch Wiesen und Weiden ausgemacht werden, die nur ca. ein Drittel der landwirtschaftlichen Flächen umfassen. 

Die naturschutzfachlich besonders wertvollen Flächen, machen den überwiegenden Anteil des Hauptökosystemtyps „naturnahe Offenlandbiotope“ aus, sind aber mit ihrem größeren Anteil den Wäldern, Gewässern und landwirtschaftlich genutzten Flächen zugeordnet. Sie erbringen auf nur 18,3 % der Fläche Deutschlands 31,2 % der Biotopwertpunkte.